Cúp Intertoto 1965–66 với chức vô địch thuộc về Lokomotive Leipzig, đội thua trong trận chung kết mùa trước (với tên trước đó là SC Leipzig). Họ đánh bại IFK Norrköping. Sau khi thử nghiệm với 12 bảng gồm 48 câu lạc bộ (mặc dù sau đó chỉ có 44 câu lạc bộ xếp đủ 11 bảng), giải trở lại thể thức ban đầu gồm 32 câu lạc bộ chia thành 8 bảng. Vì vậy, các đội bóng vào thẳng Tứ kết ngay sau Vòng bảng, trong khi ở các mùa trước phải có Vòng Một.